ARTIKLID
KWPN tõuraamatu tegevdirektor
Johan Knaap

Genoomselektsioon hobusekasvatuse praktikas

Raigo Kollom, 31. märts 2017

KWPN tõuraamat on saavutanud sporthobuste maailmas erilise positsiooni. Nende hobuste ja veel rohkem tõuraamatu pidamise kvaliteedi tase ja eriti usaldusväärsus on vaieldamatud. Lineaarse profileerimise andmeid on nad kogunud alates 1989. aastast ja nende andmebaasis on sellised kirjeldused ligi 100 000 hobuse kohta. Ainukese tõuraamatuna on nad juba kasutusele võtnud genoomselektsiooni osteokondroosi (OC) taseme diagnoosimiseks ja vältimiseks. See „nähtamatu omadus“ pole nii selgelt määratav, nagu mõned olulised tunnused veiste, kanade ja sigade aretuses, kus aretatakse vähem kompleksseid omadusi.
 
Üldiselt on hobusekasvatuses tunnused/omadused, millest oleneb sportlik võimekus, väga komplekssed. Lihtsate diagnooside jaoks on ka hobuste aretuses genoomselektsiooni edukalt kasutatud, näiteks suudab friisi tõuraamat testida ja aretusest sellise testi põhjal kõrvaldada suhteliselt haruldasi kääbuslikkuse (dwarfismi) ja vesipea geeni kandjaid, sest kumbagi põhjustab vaid üks geen, kui see esineb mõlemal vanemal. 
 
Suurim ja populaarseim väärarusaam genoomselektsiooni võimalustest on kujutlus, et parimate sporthobuste genotüüpi tundes on võimalik teha väga oluliselt paremaid aretusvalikuid. Võimalik on teha valikuid vaid üksikute tunnuste parandamiseks. KWPN valis selliseks OC esinemise tõenäosuse, sest selle diagnoosimine muude meetoditega ei ole ennast küllaldaselt õigustanud. Järgmiste tunnustena on peaaegu valmis algoritm hobuse turjakõrguse määramiseks vanemate DNA järgi, järjekorras on jalgade asendi ning kvaliteedi määramine, kaugeks unistuseks jääb esialgu käitumise ja hüppe/koolisõidu võimekuse määramine.
 
Suur reaalne samm edasi on see, et alates 2016. a. testib ja avaldab KWPN tõuraamat ühe aretusindeksina hobuste OC taset genoomselektsiooni meetodil. Testitud on juba 2500 oma tõuraamatu hobust ja 125 ISH hobust. Muidugi see maksab – hind on 150€+käibemaks. Selle saavutuse puhul avaldab ajakiri Horse International oma 2017.a. jaanuarinumbris huvitava artikli genoomselektsiooni võimalustest ja veel huvitavama intervjuu KWPN tõuraamatu tegevdirektori Johan Knaapiga.
 Artikli autor Tom Reed ironiseerib alguses, et traditsiooniline geneetilise aretusväärtuse määramise meetod jätab üldse välja selle väärtuse peamise komponendi – geenid. Senine meetod on statistiline, oleneb andmebaaside suurusest ja kvaliteedist. Usaldusväärsete tulemuste saamiseks vajalik suur andmete hulk koguneb aeglaselt. Usaldusväärsuseni 80% jõutakse alles 12. eluaastaks või hiljem, 90% usaldusväärsuseni mitte enne 15. eluaastat, sageli 18.-20. eluaastaks või pärast surma. DNA analüüsiga saadakse juba enne varsa sündi usaldusväärsuseks ligi 80%. Kompleksse  algoritmiga, mis võtab arvesse ka fenotüübi andmeid, ületatakse 80% piir 6. eluaastaks ja 90% 11.-12. eluaastaks.
 
Tee sellise meetodi ellurakendamiseni oli pikk ja kulukas. Enne kui hakata analüüsima üksikuid hobuseid, oli vaja luua nn referentspopulatsioon. See on hobuste hulk, kelle kohta on olemas nii lineaarse kirjeldamise protokoll kui DNA (70 000 SNP markeri ) andmed. Selleks tuli genotüpiseerida 3000 aastast sälgu. Kui võrrelda genotüüpe OC esinemise tasemega, saadakse see keskmine (täpsemini mediaan), millest parem või halvem on iga üksik hobune, keda edaspidi testitakse. See on OC-tervise indeks (nimetame seda lihtsuse mõttes OC indeksiks) ja see väljendatakse numbrilise suurusega 100. Hobuse aretusväärtuste indeksite tabelis on see Geneetilise profiili näitajate alajaotuses koos hüppe (või koolisõidu), kehaehituse, vaba liikumise, vabahüpete ja turjakõrguse indeksitega. Iseloomulik KWPN tungile pidevalt areneda, on see, et referentspopulatsiooni uuendatakse paari-kolme aasta tagant ja kuna tõenäoliselt selle kvaliteet paraneb, tähendab mediaan 100 siis edaspidi tervemat hobust ja nõutava OC-indeksi saamine läheb raskemaks.  
Kui see indeks on alla 96, ei saa täkk reeglina litsentsi ja märale ei ole võimalik taotleda eliitmära staatust. Aretuskomisjon võib teha ja teebki erandeid. Meile tuttavamatest täkkudest toon mõned OC-indeksite näited: Quality Time 90, Spartacus 95 (mõlemad alla lubatu, ei tohiks kasutada OC kahtlusega märadel), Clinton 99, Eldorado van Zeschoek 100, Cornet Obolensky 100, Zacharov 103, Elton John 104, Comme il Faut 104, Kannan 106
 
Johan Knaap väidab, et DNA test annab kolm korda usaldusväärsema tulemuse kui konkreetne röntgenpilt. Mingi muutus liigese pinnal võib olla juhuslik. Väga õigesti kasvatatud ja hoitud hobusel ei pruugi OC igakord üldse avalduda, kuigi ta võib olla OC kandja üle keskmise. Täielik puhtus OC suhtes pole võimalik. Uue testi alusel kõrvaldatakse aretusest samapalju täkke kui varem röntgenpiltide alusel (see on 14% esitatud täkkudest), aga need on veidi erinevad. Täkk ühe luukilluga kannaliigeses võib saada litsentsi ja samas täkk täiesti puhaste jalgadega võidakse kõrvaldada halva indeksi tõttu.
 
Kui mõlema vanema OC tase on teada, võimaldab see kombineerida vanemaid nii, et järglase OC tase ei suurene. Üks väga huvitav kasu genoomselektsioonist on võimalus leida traditsiooniliselt hinnates võrdse inbriidingu tasemega hobuste hulgast vähem inbriidsed. KWPN tõuraamat tunneb muret, et eriti koolisõidus kasutatakse liiga palju väheseid üksikuid täkke ja väga lähedases suguluses täkke. Aga geneetiliselt pole täisvennad ja -õed sugugi võrdselt inbriidsed ning see annab võimaluse veidi leevendada inbriidingu  suurenemist, mis kitsalt maksimaalsele võimekusele suunatud aretuses paratamatult toimub. 
 
Johan Knaap ütleb otse, et KWPN on ainuke tõuraamat, kus on jõutud genoomselektsiooni tegeliku kasutamiseni. Paljudes suurteski tõuraamatutes ei ole genoomilise selektsiooni programmi loomiseks ja ülalpidamiseks vajalikku oskusteavet ega võimalusi. Selliseid programme ja suuri referentspopulatsioonide andmebaase suudetakse luua vaid ühiselt. Või tuleb osta teenust KWPNi käest, lähtudes siis nende standardist. Kui meenutada, et Marbachis ei olnud KWPN üldse esindatud ja ka WBFSH seminaril 2016.a. detsembris räägiti palju röntgenpiltide harmoniseerimisest, nagu poleks OC geneetilist testi olemaski, siis jääb mulje, nagu tahaksid kõik siiski ise jalgratast leiutada.
 
Mida jääb meil siin teha? Nagu ma ütlesin juba Marbachi seminaril, meil ei ole võimeid ega võimalusi sellistes suurtes ettevõtmistes kaasa teha, aga oleme kindlasti huvitatud nende kasutamisest. Mulle ei vastatud, et selle eest tuleb ka maksta, aga seda peame me ise aru saama. Paljude importsperma doonorite OC indeks on nooremate täkkude kohta saadaval KWPN tasulisest andmebaasist, millele meie seltsil on ligipääs. Millised on võimalused meie oma täkke analüüsida, peame veel välja selgitama. Aga kui me peame OC kontrolli küllalt tähtsaks, on genoomselektsioon kindlasti efektiivsem kui lõpmatu arutelu röntgenpiltide arvu, kvaliteedi ja tõlgendamise üle.
 
 

VASTANUID    0
FOORUMI VIIMASED POSTITUSED
Sirje Kaar teemal GROOMID:

Tall Soomes otsib kohusetundliku tallitöötajat. Talli kontakt - tereteie@online.ee....

Priidik Salu teemal ERINEVAD HOBUSTE SEOTUD KüSIMUSED:

Tere! Müün kahte Tallinn Horse Show 3-päeva täispiletit. Müüksin piletid 10 € soodsamalt ta...

Kadri Tamm teemal GROOMID:

Tere.
Soovin leida tööd hobustega Tallinna lähedal. Töö ise võib olla laialdane. Saan ha...

Aleksandra Bõkova teemal GROOMID:

Otsin tööd hobustega nii Eestis kui ka Välismaal. Kogemus ja soov töötama on olemas.
Kir...

Vaikla Tall teemal TALLIMAJANDUS:

Vaikla tall otsib seoses töökoormuse kasvuga oma kollektiivi abikäsi. Peamisteks töökohtustuste...